#NEXUS 

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MATRIX
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pcas284             61
pjec323             61
;
END;


BEGIN CODONS;
	CODONPOSSET * CodonPositions = 
		N: 1-1017;
	CODESET  * UNTITLED = Universal: all ;
END;


BEGIN ASSUMPTIONS;

    
USERTYPE ITS1 STEPMATRIX = 5 
       A     C     G     T     - 
  [A]   .    2.77  1.96  1.86  4.16 
  [C]  2.77   .    2.77  0.90  4.16 
  [G]  1.96  2.77   .    2.21  5.16 
  [T]  1.86  0.90  2.21   .    3.47 
  [-]  4.16  4.16  5.16  3.47   .  
  ; 
  
      
USERTYPE 5_8S STEPMATRIX = 5 
       A     C     G     T     -  
  [A]   .    1.61  1.61  2.61  2.61 
  [C]  1.61   .    2.61  0.51  2.61 
  [G]  1.61  2.61   .    2.61  2.61 
  [T]  2.61  0.51  2.61   .    2.61 
  [-]  2.61  2.61  2.61  2.61   .  
  ; 

        
USERTYPE ITS2 STEPMATRIX = 5 
       A     C     G     T     - 
  [A]   .    1.91  3.30  1.91  4.30 
  [C]  1.91   .    1.69  0.90  4.30 
  [G]  3.30  1.69   .    2.60  4.30 
  [T]  1.91  0.90  2.60   .    4.30 
  [-]  4.30  4.30  4.30  4.30   .  
  ;  
  
  
USERTYPE INAASE1 STEPMATRIX = 7
[ 0 = ACGT]
[ 1 = CCG]
[ 2 = GCGA]
[ 3 = GCGC]
[ 4 = GCGT]
[ 5 = GTGC]
[ 6 = GTGT]

            0    1    2    3    4    5    6    
[0]        .    5.0  3.0  2.0  1.0  3.0  2.0
[1]        5.0  .    5.0  5.0  5.0  6.0  6.0
[2]        3.0  5.0  .    2.0  2.0  3.0  3.0
[3]        2.0  5.0  2.0  .    1.0  1.0  2.0
[4]        1.0  5.0  2.0  1.0  .    2.0  1.0
[5]        3.0  6.0  3.0  1.0  2.0  .    1.0
[6]        2.0  6.0  3.0  2.0  1.0  1.0  .  

;

  
USERTYPE INAASE2 STEPMATRIX = 6
[ 0 = TCTATCCC]
[ 1 = TCTCTCCC]
[ 2 = TTATCCC]
[ 3 = TTTATCCC]
[ 4 = TTTCTCCC]
[ 5 = TTTCTCCT]

            0    1    2    3    4    5    
[0]        .    2.0  3.0  1.0  3.0  4.0
[1]        2.0  .    5.0  3.0  1.0  2.0
[2]        3.0  5.0  .    3.0  5.0  6.0
[3]        1.0  3.0  3.0  .    2.0  3.0
[4]        3.0  1.0  5.0  2.0  .    1.0
[5]        4.0  2.0  6.0  3.0  1.0  .  

;
  
   
	OPTIONS  DEFTYPE=unord PolyTcount=MINSTEPS ;
	EXSET * UNTITLED = 1-546 599-611 688-698 931-934 954-961 977-982 987-991 998-1000 1004-1017 constant;
	TypeSet * nucITS = ITS1:1-706, 5_8S:707-869, ITS2:870-1017, INAASE1:1064, INAASE2:1065;
    Wtset * Arcweights = 0.25:1019-1022 1042-1045, 0.10:1023-1032 1046-1055, 0.5:1033-1040 1056-1063;
END;